Zalążek dzisiejszej biblioteki IAiE, na którą składają się dwa odrębne księgozbiory: archeologiczny ( liczący obecnie ponad 10.750 vol.) i etnograficzny (ok. 9.600 vol.) powstał już w 1946 r. wraz z powołaniem Katedry Prehistorii (od 1952 r. przemianowanej na Katedrę Archeologii Polski) i Katedry Etnografii i Etnologii.
Bibliotekę Katedry Archeologii Polski zgromadził jej pierwszy kierownik prof. dr Roman Jakimowicz w liczbie 770 pozycji inwentarza. Tematyka księgozbioru odzwierciedlała ówczesną działalność dydaktyczną katedry, tj. z całego zakresu archeologii dla studentów tego kierunku, z zakresu historii kultury materialnej dla studentów archeologii, etnografii, historii sztuki i historii. Zasób księgozbioru powiększony w następnych latach do 798 vol. był jeszcze zbyt skromny na to, aby mógł zaspokoić potrzeby dydaktyczne i naukowe katedry. W końcu r. 1945 organizacją biblioteki i zbiorów etnograficznych zajęła się adiunkt dr Maria Znamierowska-Prüfferowa. W 1955 r. księgozbiór liczył już ok. 1000 dzieł polskich i obcych z zakresu kultury materialnej ludu polskiego oraz ludów egzotycznych.
Kiedy w 1976 r. powstał Instytut Archeologii i Etnografii na Uniwersytecie kierownictwo Biblioteki Instytutu powierzono mgr Reginie Czmielowej (w latach 1979-1995 funkcję tę pełniła mgr Genowefa Ptaszyk, następnie w l. 1995-1997 mgr Anna Peszyńska, od 1998 r. kierownikiem została mgr Anna Jastrzębska).
Od tego czasu widać wzmożony rozwój księgozbiorów, który w głównej mierze opierał się na planowych zakupach książek i czasopism oraz darach przekazywanych z dubletów Biblioteki Głównej UMK i innych instytucji naukowych. Zaczęto także nawiązywać wymianę międzybiblioteczną z ośrodkami naukowymi w kraju i zagranicą. W 1980 r. księgozbiór archeologiczny liczył już ok. 4.200 vol., zaś zbiór etnograficzny ? ok. 7.500 vol.
4 pażdziernika 2011 r. księgozbiór etnologiczny został przeniesiony do nowopowstałej Biblioteki Collegium Humanisticum.
Tematykę księgozbiorów określiła specyficzna, interdyscyplinarna działalność naukowo-badawcza Instytutu. Dotychczasową literaturę dotyczącą archeologii i etnografii Polski, Pomorza, Kujaw, ziemi dobrzyńskiej i chełmińskiej wzbogaciły publikacje z zakresu archeologii podwodnej, z badań nad średniowieczną architekturą murowaną, z badań nad dziejami szkła oraz badań regionalnych w zakresie osadnictwa pradziejowego i średniowiecznego. Powołanie kolejnych pracowni (Dendrochronologicznej i Pracowni Rekonstrukcji Środowiska Geograficznego) powiększyło tematykę zbiorów o książki przyrodnicze. W ramach prac badawczych Zakładu Etnografii poszerzono tematykę zbiorów o zagadnienia związane z regionalizacją etnograficzną Polski Północnej oraz studia nad folklorem polskim i słowiańskim. Jednocześnie prężnie działająca wymiana wydawnictw z ośrodkami zagranicznymi, powiększyła zasób zbiorów z zakresu etnografii Europy, Ameryki, Azji i Afryki. Powołanie kolejnych zakładów (Historii Uzbrojenia i Archeologii Antycznej) zaowocowało pojawieniem się w zbiorach biblioteki książek z tematyki uzbrojenia oraz historii i kultury antycznej.
Istniejąca już wcześniej specjalizacja w zakresie konserwacji zabytków archeologicznych wywarła również wpływ na tematykę księgozbioru. Istotną część zbiorów bibliotecznych Instytutu stanowią także materiały kartograficzne i audiowizualne. Nie można również pominąć podstawowych dla każdej biblioteki humanistycznej zbiorów encyklopedycznych, słownikowych i albumowych.
Szeroki wachlarz tematyczny księgozbiorów Biblioteki IAiE sprawia, iż stanowią one cenne źródło poszukiwań naukowych nie tylko dla własnych pracowników i studentów, ale i historyków, historyków sztuki, socjologów, biologów i geografów.